Во время сражений с чеченцами Яков Петрович отличался храбростью и презрением к смерти, а о его умении одним сабельным ударом разрубить человека от макушки до седла ходили легенды. За эти качества горцы прозвали Бакланова «Шайтан». Еще одним прозвищем казака стало «Боклю», что означает лев, данное из-за внешности сотника.
Двухметровый рост, огромная физическая сила, грозное лицо Бакланова, вселяло страх в сердца горцев. Схожесть со львом дополняли пышные рыжие усы, переходящие в бакенбарды-гриву. Когда жители одного дагестанского селения отказали Шамилю в поддержке, имам сказал им: «Если бы вы так боялись Аллаха, как Бакланова, то стали бы святыми!».
В 1845 году Якова Петровича назначают командиром 20-го полка. Командир установил в подразделении суровую дисциплину, а чтобы скрыть принадлежность, переодел казаков в одежду горцев и вооружил их типичным для местных жителей оружием. За короткое время Бакланов превратил полки в образцовое партизанское соединение (казачий спецназ), которое использовало аналогичную с горцами тактику. Засады, неожиданные налеты и увод скота дали понять горцам, что в своих высокогорных селениях они больше не в безопасности. Казаки любили командира и в честь покорителя Сибири называли его Ермаком Тимофеевичем.
Активный участник Кавказских походов с 1834 года. Первой серьёзной экспедицией, положившей начало его кавказской известности, была экспедиция 1836 года, предпринятая для истребления закубанских аулов между реками Псефир, Лабой и Белой. Здесь он был ранен в голову. 4 июля 1836 года, преследуя на протяжении 10 вёрст вчетверо превосходящий отряд горцев (между реками Чамлык и Лаба), за час выдержал множество контратак неприятеля и израсходовал все патроны, в заключение, выбрав удобный момент, близ Вознесенского укрепления ударил в пики, опрокинул неприятеля и преследовал более 15 вёрст, истребив его почти полностью. За это сражение 9 ноября 1837 года награждён орденом Святого Владимира 4-й степени с бантом.
22 октября 1837 года произведён в есаулы и переведён в 41-й Донской казачий полк. Весной 1839 года назначен на службу в Донской учебный полк, а в 1841-м переведён в 36-й Донской казачий полк (Родионова), с которым в Польше содержал кордоны на границе с Пруссией.
По возвращении из Польши, 18 октября 1844 года, ему был пожалован чин войскового старшины. Весной 1845 года он получил назначение в 20-й Донской казачий полк, расположенный на левом фланге кавказской линии в Куринском укреплении, которое составляло передовой оплот русских Кумыкских владений. Самовольно изменил штатное расписание, создав особую пластунскую команду из лучших стрелков и наездников и седьмую, учебную, сотню для обучения новобранцев специфическим приёмам боевых действий в горах. Впервые были введены тактические занятия. 20 июля 1845 года награждён орденом Святой Анны 2-й степени за отличие, оказанное в бою при разбитии укреплённых завалов в урочище Шаухал-Берды.
5 июля 1846 года за отличие, храбрость и мужество, оказанные в бою с войсками Шамиля при обороне крепости Внезапной, пожалован императорской короной к ордену Святой Анны 2-й степени; в этом же году был назначен командиром 20-го Донского казачьего полка.
4 декабря 1848 года произведён в подполковники.
19 февраля 1849 года награждён золотой саблей с надписью «За храбрость». 31 марта 1850 года за отличие во время набега на Гойтемировские ворота произведён в полковники. Летом 1850 года назначен командиром 17-го Донского казачьего полка.
В ноябре 1851 года награждён орденом Святого Владимира 3-й степени за отличие при поражении горцев на Шалинской поляне.